한국고고학회는 1976년에 한국 고고학계에서는 가장 먼저 전국 규모로 결성되었으며 현재 국내의 고고학연구자는 물론 국외의 한국고고학 연구자를 거의 모두 회원으로 망라하고 있어서 명실상부하게 한국 고고학계를 대표하는 학술모임이다.
학회의 운영도 그에 걸맞게 총회·평의원회·운영위원회·편집위원회 및 각종 소위원회 등 역할과 임무를 달리하는 다양한 기구를 통해 조직적으로 이루어지고 있다. 특히 다른 학회에서는 거의 유례를 볼 수 없는 기구인 평의원회는 회장과 전국 각 지역을 대표하는 20명 내외의 위원으로 구성되어 학회의 중요한 사업과 정책을 결정하며 이를 통해 학회가 전체 회원들의 의사를 최대한 반영하여 민주적으로 운영되고 있다.

우리 학회는 고고학의 발전에 이바지할 목적으로 결성되었고 학술발표회, 학보 발간, 문화유산의 보호와 보존 등의 사업을 통해 이를 실천하고 있다. 학술발표회로는 매년 1회 11월 초에 이틀간 정기적으로 개최하는 ‘한국고고학전국대회'가 있다. 전국 각지의 대학교나 고고학 관련기관을 매년 순회하면서 개최되는 한국고고학전국대회는 고고학연구자 모두의 잔치를 겸한 학술대회이다.
첫째 날에는 고고학의 각 시대, 지역, 분야별 주제의 연구 현황을 점검하고 향후의 연구 방향을 모색하는 공동주제 발표 및 토론이 이루어진다. 둘째 날에는 미리 공지를 통해 선정된 패널을 중심으로 발표가 이루어지고 있다. 패널발표는 그 해에 가장 이슈가 되는 주제들이 발표 및 토론되고 있다.

훌륭한 연구자를 발굴하고 고고학의 저변을 확대하기 위해 매년 2-3회 발간해오다 2006년부터 4회로 증간된 학회지인 ‘한국고고학보'는 학계의 권위 있는 연구자들의 엄격한 심사절차를 거쳐 가장 우수한 논문들을 게재하고 있다. 이외에도 한국고고학전국대회의 공동주제 발표문들을 토론 결과에 따라 수정한 논문들과 관련 추가 논문을 한 데 묶은 고고학 연구 주제별 총서들을 발간하였다.
그리고 매년 한국고고학보에 발표된 논문 중에서 가장 우수한 논문에 대하여 논문상을 시상하고 있다.

우리 학회는 특히 최근에 와서 문화유산의 보호와 보존 운동이 고고학연구자의 주요한 임무임을 깊이 자각하고 그에 관련된 사회 활동을 앞장서 활발히 벌이고 있다. 그리하여 이를테면 국토 개발로 마구 파괴되어 가는 매장문화재의 체계적 조사와 보호 보존이 원활히 이루어지도록 매장문화재 관련 법률을 개정하는 데 주도적 역할을 하고 있다. 이제는 각 지역에 결성된 지역 고고학회들과 연계하여 문화재를 그 자체만으로서가 아니라 우리 환경의 주된 요소 중 한 가지인 역사·문화적 경관의 일부로서 인식하여 가능한 한 그러한 경관 전체를 포괄적으로 보호·보존하려는 노력을 가일층 강화하고 있다.